Régen minden ember a tenger alatt élt. Néhány ember azonban a felszínt részesítette előnyben, és végleg elhagyta a víz alatti életet. Ennek következtében megfosztották istenek által biztosított “Ena” védelemtől, amely lehetővé tette számukra, hogy lélegezzenek a víz alatt. Az idő múlásával a tenger és a felszín lakói közötti szakadék egyre nagyobb lett, bár a két nép között még mindig fennállt a kapcsolat. A Nagi no Asu kara Hikari Sakishima és Manaka Mukaido, valamint gyermekkori barátaik, Chisaki Hiradaira és Kaname Isaki történetét követik nyomon, akik kénytelenek elhagyni a tengert és a felszínen iskolába járni. Ott a csoport találkozik Tsumugu Kiharával, a tengert imádó diáktárssal és horgásszal is.